Predição in silico de candidato vacinal multi-epítopo antigênico tumoral para o antígeno testicular de câncer - TFDP3

Página do item simplificado
dc.contributor.advisor-co1Marques, Carolinne de Sales
dc.contributor.advisor-co1IDhttps://orcid.org/0000-0003-2902-0657
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/2138096354768853
dc.contributor.advisor1Fraga, Carlos Alberto de Carvalho
dc.contributor.advisor1IDhttps://orcid.org/0000-0002-9564-9595
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/1658892101106938
dc.contributor.referee1Koike, Bruna Del Vechio
dc.contributor.referee1IDhttps://orcid.org/0000-0001-9745-3513
dc.contributor.referee1Latteshttp://lattes.cnpq.br/6190033586443279
dc.contributor.referee2Baggio, Jussara Almeida de Oliveira
dc.contributor.referee2IDhttps://orcid.org/0000-0003-2508-1364
dc.contributor.referee2Latteshttp://lattes.cnpq.br/8921152292383528
dc.contributor.referee3Rodrigues, Amanda Karine Barros Ferreira
dc.contributor.referee3IDhttps://orcid.org/0000-0002-6668-2820
dc.contributor.referee3Latteshttp://lattes.cnpq.br/8927116542464621
dc.contributor.referee4Gomes, Francis Soares
dc.contributor.referee4Latteshttp://lattes.cnpq.br/8626107472806227
dc.creatorOmena Neta, Genilda Castro de
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/4616126871302845
dc.date.accessioned2026-05-22T13:44:42Z
dc.date.available2026-05-22T13:44:42Z
dc.date.issued2024-02-19
dc.description.abstractThe increase in cancer incidence and mortality worldwide has demonstrated the need for investment in more effective anti-tumor therapies. Given the complexity of the mechanisms that lead to resistance to anti-tumor treatments, target therapies are promising approaches. Cancer testicular antigens (CTAs) are therapeutic targets with potential to be explored, as they are not expressed in normal cells and are expressed in tumor cells, as is the case with TFDP3, expressed in triple negative breast cancer, prostate cancer, childhood T-cell lymphoblastic leukemia and hepatocellular carcinoma. The objective proposed in this work is the in silico prediction of a multi-epitope tumor antigen vaccine candidate from TFDP3. The epitopes were screened using immunoinformatics tools that identified the antigenic epitopes that interacted with B lymphocytes, CD4+ T lymphocytes and CD8+ T lymphocytes. The population coverage of the epitopes on CD4+ T lymphocytes and CD8+ T lymphocytes was then assessed. From the epitopes of B lymphocytes, CD4+ T lymphocytes and CD8+ T lymphocytes, 3 epitopes from each were selected to make up the multi-epitope vaccine determined by antigenicity, allergenicity, toxicity, IFN-γ induction and population coverage. In addition to the epitopes, the vaccine was made up of an adjuvant and ligands that ensured certain properties of the epitopes, their processing in MHC class I biosynthesis and post-translational modifications. The vaccine's homology with other proteins was assessed using the NCBI BLASTp server. The physicochemical parameters, antigenicity, allergenicity and toxicity were then evaluated. The secondary structure and tertiary structure were determined using servers that use neural networks, as well as the quality parameters associated with the structure. In the tertiary structure, the linear and discontinuous epitopes of B lymphocytes were determined using the IEDB server. From there, the interaction by molecular docking with Toll-like receptors and molecular dynamics were evaluated to assess the stability of the multi-epitope vaccine in a biological system. Finally, the in silico assessment of the possibility of cloning the multi-epitope vaccine and its immune response after 1 and 3 successive administrations was also evaluated. Epitopes that interact with antigenic, non-allergenic and non-toxic B lymphocytes, CD4+ T lymphocytes and CD8+ T lymphocytes were identified. With regard to CD4+ T lymphocytes, 4 epitopes, as well as being antigenic, non-llergenic and non-toxic, are possible inducers of IFN-γ. In the population coverage, the MHC class I and MHC class II epitopes had 93.55% coverage worldwide. The multi-epitope vaccine has biologically favorable physicochemical parameters, low homology with human proteins, secondary and tertiary conformation compatible with native protein structures. It also has interactions with TLR-2 and TLR-3, with TLR-3 being the interaction that in a biological system guarantees the greatest stability of the multi-epitope vaccine. In addition, in silico analyses have shown that the multi-epitope vaccine can be cloned and develop a more robust and prolonged immune response when submitted to 3 administrations. Therefore, the multi-epitope vaccine designed from the testicular cancer antigen TFDP3 showed in silico several promising biological properties and responses so that in vitro and in vivo studies can be invested and the future application of this vaccine in the treatment of cancer types that express this CTA.
dc.description.resumoO aumento na incidência e mortalidade de câncer no mundo tem demonstrado a necessidade de investimentos em terapias antitumorais mais efetivas. Diante da complexidade dos mecanismos que levam a resistência aos tratamentos antitumorais, as terapias-alvo são abordagens promissoras. Os antígenos testiculares de câncer (CTAs) são alvos terapêuticos com potencial de serem explorados, pois não são expressos em células normais e expressos em células tumorais, como é o caso do TFDP3, expresso em câncer de mama subtipo triplo negativo, próstata, leucemia linfoblástica de célula T infantil e carcinoma hepatocelular. O objetivo proposto nesse trabalho é a predição in silico de um candidato vacinal multi-epítopo antigênico tumoral a partir do TFDP3. A triagem dos epítopos foi realizada com ferramentas de imunoinformática que identificaram os epítopos antigênicos que interagiam com os linfócitos B, linfócitos T CD4+ e linfócitos T CD8+. Em seguida, foi avaliado a cobertura populacional dos epítopos dos linfócitos T CD4+ e linfócitos T CD8+. A partir dos epítopos dos linfócitos B, linfócitos TCD4+ e linfócitos T CD8+ foram selecionados 3 epítopos de cada um deles para compor a vacina multi-epítopo determinados pela antigenicidade, alergenicidade, toxicidade, indução de IFN-γ e cobertura populacional. A vacina foi constituída além dos epítopos por um adjuvante e ligantes que garantiram algumas propriedades dos epítopos, o processamento deles na biosíntese do MHC de classe I e modificações pós-traducionais. A homologia da vacina em relação a outras proteínas foi avaliada pelo servidor NCBI BLASTp. A partir disso, foram avaliados os parâmetros físico-químicos, antigenicidade, alergenicidade e toxicidade. Através de servidores que utilizam redes neurais foi determinado a estrutura secundária e a estrutura terciária assim como os parâmetros de qualidade associados à estrutura. Na estrutura terciária foram determinados os epítopos lineares e descontínuos dos linfócitos B pelo servidor IEDB. A partir daí, foi avaliada a interação por ancoragem molecular com os receptores semelhantes a Toll e a dinâmica molecular para avaliar a estabilidade da vacina multi-epítopo num sistema biológico. Por fim, foi avaliado in silico a viabilidade de clonagem da vacina multi-epítopo e sua resposta imune mediante 1 e 3 administrações sucessivas. Foram identificados epítopos que interagem com os linfócitos B, linfócitos T CD4+ e linfócitos T CD8+ antigênicos, não alergênicos e não tóxicos. Em relação aos linfócitos T CD4+, 4 epítopos além de serem antigênicos, não alergênicos e não tóxico, são possíveis indutores de IFN-γ em relação a cobertura populacional os epítopos do MHC de classe I e MHC de classe II tiveram uma cobertura de 93,55% no mundo. A vacina multi-epítopo tem parâmetros físico-químicos favoráveis biologicamente, baixa homologia com proteínas humanas, conformação secundária e terciária compatível com estruturas de proteínas nativas. Também possui interações com os TLR-2 e TLR-3, sendo o TLR-3 a interação que num sistema biológico garante mais estabilidade da vacina multi-epítopo. Além disso, análises in silico demonstraram que a vacina multi-epítopo pode ser clonada e desenvolver resposta imune mais robusta e duradoura quando submetida a 3 administrações. Portanto, a vacina multi-epítopo desenhada a partir do antígeno testicular de câncer TFDP3 apresentou in silico diversas propriedades e respostas biológicas promissoras para que seja investido estudos in vitro e in vivo e a aplicação no futuro dessa vacina no tratamento de tipos de câncer que expressam esse CTA.
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Alagoas - FAPEAL
dc.identifier.citationOmena Neta, Genilda Castro de.   Predição in silico de candidato vacinal multi-epítopo antigênico tumoral para o antígeno testicular de câncer-TFDP3 / Genilda Castro de Omena Neta. – 2024.   143 f. : il., tabs. color.   Orientador: Carlos Alberto de Carvalho Fraga.   Co-orientadora: Caroline de Sales Marques.   Tese (doutorado em ciências) – Universidade Federal de Alagoas. Instituto de Ciências Farmacêuticas. Programa Multicêntrico de Bioquímica e Biologia Molecular. Maceió, 2024.   Bibliografia: f. 99-111.   Apêndices: f. 112-143.   1. Neoplasias. 2. Imunoinformática. 3. Predição de epítopos. 4. Vacinas de subunidades. I. Título.
dc.identifier.urihttps://repositorio.ifal.edu.br/handle/123456789/3063
dc.language.isopt_BR
dc.publisherUNIVERSIDADE FEDERAL DE ALAGOAS - Ufal
dc.publisher.countryBrasil
dc.publisher.departmentCampus Satuba
dc.subjectNeoplasias
dc.subjectImunoinformática
dc.subjectPredição de epítopos
dc.subjectVacinas de subunidades
dc.subjectCâncer
dc.subjectCancer
dc.subjectImmunoinformatics
dc.subjectEpitope prediction
dc.subjectPeptide vaccine
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS
dc.titlePredição in silico de candidato vacinal multi-epítopo antigênico tumoral para o antígeno testicular de câncer - TFDP3
dc.typeTese

Arquivos

Pacote Original
Agora exibindo 1 - 1 de 1
Imagem de Miniatura
Nome:
Tese_Genilda Castro de Omena Neta.pdf
Tamanho:
41.82 MB
Formato:
Adobe Portable Document Format
Baixar
Licença do Pacote
Agora exibindo 1 - 1 de 1
Nenhuma Miniatura disponível
Nome:
license.txt
Tamanho:
1.66 KB
Formato:
Item-specific license agreed upon to submission
Descrição:
Baixar

Coleções

Teses não defendidas no IFAL